第二季中不仅仅继续了星际之门：亚特兰蒂斯第一季的悬念, 还加入了很多新的线索: 韦尔博士和谢帕德少校是否能够谱写一曲动人的爱情恋歌?福特中尉在无意中获得了幽灵族的一种酶后变得异常强大, 他的命运究竟如何? 探险队是不是能够找到新的零点模块(ZPM) 来维持亚特兰蒂斯的正常运转? 幽灵族的围攻是怎么被化解的?